Die Ursachen von Reflux sind vielfältig und können durch genetische, funktionelle oder lebensstilbedingte Faktoren beeinflusst werden. Eine häufige Ursache ist die Schwäche oder Dysfunktion des unteren Speiseröhrenschließmuskels, der den Rückfluss von Magensäure in die Speiseröhre nicht verhindern kann. Dies kann durch Faktoren wie Alter, Adipositas, bestimmte Medikamente, insbesondere aber auch Ernährungsgewohnheiten verschärft werden. Gerät der Reflux von dort aus weiter in Hals, Kehlkopf und Atemwege, so spricht man von Stillem Reflux.
Der Konsum von bestimmten Nahrungsmitteln und Getränken, wie Kaffee, Alkohol, Schokolade oder fetthaltige und scharfe Speisen, kann Stillen Reflux verschlimmern. Auch das Rauchen und übermäßiger Stress können den Stillen Reflux begünstigen.